jeudi 29 mai 2008

Comme un message dans le vent...

Un message un peu fourre-tout aujourd'hui, mais je n'ai malheureusement pas le temps de faire autrement (oui, j'ai beaucoup de travail en ce moment, certains pourront témoigner en ma faveur)
Donc parlons d'un sujet facile, puisque l'on va casser du sucre sur le dos des gens qui nous gouvernent.

Tout d'abord, Mme Dati qui a fait parler d'elle à l'assemblée nationale il y a deux jours.
Comme vous le savez peut-être, nos chers députés sont en pleines votations en ce moment pour modifier la sacro-sainte Constitution et moderniser les institutions de notre pays. Deux députés de la majorité, Marie-Jo Zimmermann et Claude Greff ont proposé que soit inscrit dans la Constitution la phrase suivante : "La loi favorise l'égal accès des femmes et des hommes aux responsabilités professionnelles et sociales."
Noble intention, vraiment. Quoi de plus naturel que l'égalité des sexes soit inscrit dans le texte des textes.
Pas pour Mme Dati (et quelques autres) qui ont demandé de ne pas voter cette proposition. Bien mal leur en a pris car ladite proposition est passée quand même, grâce aux voix de députés des deux cotés de l'hémicycle.
Plus que le camouflet que cela semble représenter, c'est l'anachronisme et le manque de réalisme dont souffre Mme Dati (et quelques autres) qui retient mon attention. Nous sommes 40 ans après Mai 68, 40 ans après le début d'une vague de libération de la condition de la femme sans précédent (la femme mariée n'a plus été considérée comme mineure et a pu travailler sans l'autorisation de son mari, la pilule, l'avortement, le divorce par consentement mutuel).
Pourtant de grandes disparités subsistent entre les deux sexes, notamment dans le monde du travail. Et nous sommes en France, ce qui veut dire que, parfois, il faut un peu forcer pour que les mentalités changent, d'où la proposition d'inscrire l'égalité des sexes au travail dans la Constitution. Mais Mme Dati (et quelques autres) ne semble pas penser qu'il est nécessaire d'inscrire l'égalité des sexes dans le travail. Elle doit complètement ignorer ce que veut dire inégalité entre les sexes.

Dans une même série, notons que le niveau scolaire n'est plus un critère de redoublement, que les cancres se réjouissent. Il semble en effet que les redoublements coutent trop cher, les rectorats déconseillent donc aux établissements de le pratiquer trop ouvertement, tant pis pour le niveau scolaire...
À ce train-là, bonjour pour atteindre 80% d'une classe d'âge au bac, ils vont stagner en terminal avant de s'en sortir...

mercredi 28 mai 2008

Have a break...

Du jeu, du jeu, du jeu.

C'était samedi dernier dans une rue des pentes à Lyon. Des petits malin avaient décidé de s'amuser un peu.
On peut les comprendre. Par les temps qui courent, il fallait quelque chose pour se remonter le moral. Il fallait s'amuser un peu.

Donc, dans les pentes, des gens ont joué toute la journée à des jeux, toutes sortes de jeux. Certains ont même passé la journée à courir, déguisés en fantômes ou en bestiole jaune... et des gens de la télé étaient là pour filmer le tout...

C'est snoow qui rapporte ce que la télé a rapporté. Apparemment, ils se sont bien amusé.
Je dis apparemment car je n'ai pas pu y aller moi-même, la faute à ce que je qualifierai d'obligations d'ordre académique...

Zut de zut.

mardi 27 mai 2008

Les paillasses dans la rue

Aujourd'hui, les chercheurs défilent.
Oui, je sais, ce n'est pas le genre de manifestation qui inondera les rues de gens par milliers.

Ce qui retient l'attention de ce défilé est son nom : l'academic pride.

Les chercheurs défilent donc pour la fierté d'être chercheur, pour la fierté de ne servir à rien, pour la fierté de n'être compris que par trois personnes dans le monde (dont deux qui parlent japonais), pour la fierté de la science...


À Lyon, j'y serai.

lundi 26 mai 2008

Le tout petit trottoir...

En ce jour où l'actualité sportive (la baballe jaune reviens) et culturelle (everybody says cocorico) semblent dominer, on semble oublier qu'un bataille que l'on devine féroce, sans pitié, sans merci vient de commencer.

Je parle de la bataille que le maire de Paris et la présidente de Poitou-Charente ont commencé à se livrer pour une place en finale du grand tournoi quinquennal du plus grand communiquant incompétent de ce pays ("Un peuple a toujours le tyran qu'il mérite",est-il bon de le rappeler).
Ce n'est pas la bataille qui m'intéresse en fait, mais un concept que l'on doit (paraît-il) à une participante de cette bataille, à savoir S. R.

Ce concept, c'est la démocratie participative.
Ce truc ne m'intéresse pas vraiment, ce qui m'intéresse et ce dont je vais causer aujourd'hui, c'est l'une des ramifications de ce truc, à savoir le micro-trottoir.

J'ai rarement vu un truc aussi con, aussi débile, aussi vide de sens et de contenu qu'un micro-trottoir (si, une fois, dans un sandwich du CROUS).

Journalistiquement parlant, le micro-trottoir, c'est de la merde.
Ni plus, ni moins.

Le travail demandé pour un journaliste est minime. Il lui suffit de réunir deux ingrédients essentiels, le micro, branché sur un truc qui enregistre, et un trottoir, de préférence avec des gens dessus. Tout ce qui lui reste à faire est de tendre le micro (bon d'accord, il y a un effort dans le bras) et de poser une question ("que pensez-vous de la nouvelle voiture de chez machin ?") aux gens qui passent sur le trottoir sus-cité.
Quel effort, puisque le journaliste se contente, effort suprême, de recopier plusieurs réponses mot pour mot dans le journal.

Ensuite, le contenu d'un micro-trottoir est vide, nul, archi-nul, un trou noir, une singularité.

Je suis d'accord qu'en démocratie, chacun a le droit de s'exprimer, la liberté de parole est une prolongation naturelle de la liberté de pensé, etc. Pourtant, j'ai du mal à voir l'intérêt de savoir ce que pense le quidam de base. J'ai du mal à saisir l'intérêt que cela peut apporter au débat.

Le principe d'une démocratie est donc que n'importe qui est libre d'avoir une opinion à peu près sur tout. J'ai des opinions sur le foot, la politique, le festival de Cannes et sur pas mal de sujets.
Mais ce ne sont que des opinions. Une opinion est personnelle, construite à partir de quelques informations et surtout, surtout, de l'interprétation personnelle de ces quelques faits. En aucun cas, une opinion reflète une quelconque réalité. Mes opinions sur le foot sont personnelles, ne regardent que moi et reflètent difficilement la réalité.

Une opinion est radicalement différente d'un fait ou d'une réalité. Or le principe du micro-trottoir est justement d'ériger cette opinion en fait quasiment établi. Je le pense, donc cela doit être vrai. Il y a quelque chose de fondamentalement faux et, par extension, de pervers (au moins dans les effets) à ériger une opinion en une vérité absolue. Vu qu'une opinion est fauss(é)e par définition, l'accepter comme fait journalistique n'est tout simplement pas acceptable.

Les opinions peuvent êtres intéressantes parfois, mais leurs utilisations massive, que ce soit par les micro-trottoirs, par les sondages d'opinion ou par d'autres moyens donnent l'illusion qu'il suffit d'en avoir (des opinions) pour donner son avis sur tout et n'importe quoi, même si l'on en sait rien (ou quasiment).

Le droit à l'ouvrir ne signifie pas l'ouvrir quoi qu'il arrive. Il est urgent d'apprendre à se taire, et surtout, d'apprendre à aller au-delà des opinions. C'est facile d'avoir une opinion, c'est plus dur d'aller chercher les informations et de vérifier les faits, confronter des points de vus différents.

Bref, réfléchir, quoi...

vendredi 23 mai 2008

Recherchons en France, tant que nous en avons encore le temps...

Pas contents, les chercheurs, on peut un peu les comprendre.

Je vous faisais part des propos de notre chère ministre de la recherche il y a deux jours de cela concernant la création au sein du CNRS d'instituts spécialisés. Le but étant de regrouper au sein d'un même institut tout ce qui touche à un domaine particulier : la chimie, la physique, etc. Adieu donc la sacro-sainte pluridisciplinarité du CNRS qui permettait à des domaines qui n'avaient rien à voir de cohabiter. La communication est essentielle pour avancer dans la science, on est maintenant sûrs que les politiques ne l'ont pas compris.

J'étais, je l'avoue, passé à coté de certains des enjeux de cet éclatement programmé en ne parlant uniquement de la nomination par le gouvernement des directeurs d'instituts, qui correspond à une reprise en main du secteur scientifique et la fin de l'indépendance de la recherche et de la science.
Sur ce point, les chercheurs ne se sont pas laissés faire. Vu que cette annonce a été faite avant une concertation sur le sujet prévue de longue date, pas mal de participants de cette réunion ont tout simplement claqué la porte.

Mais d'autres points m'ont échappé, tant l'interview de la ministre était gravé dans le chêne centenaire de la langue de bois. Pas mal de domaines ont donc droit à leurs instituts, fort bien. La biologie, qui n'est certes pas une petite science de rien du tout, se voit elle intégrée (le mot absorbée conviendrait mieux) dans un institut déjà existant, l'INSERM, qui est un institut de recherche bio-médicale. Le principe est donc simple, il s'agit de montrer au biologistes ce qu'il convient de faire dans les prochaines années, à savoir de la recherche médicale et appliquée.

Et là, le mur se rapproche à toute vitesse.

Il est évident que la biologie ne se limite pas à ses applications médicales, il y a l'écologie, l'évolution et bien d'autres domaines pour lesquels une application médicale va être difficile à trouver. Et tous ces domaines là vont disparaître (en tout cas, dans leur forme actuelle) ou vont être réduits à leur minimum que je n'oserait même pas qualifier de vital tant j'imagine il va être faible.
Donc, plus que des applications médicales.
Fort, bien, on va sauver le monde avec. Pendant un temps seulement. Car quand toutes les applications médicales auront été étudiées, que toutes les pistes auront été explorées, que restera-t-il ? Rien. Car aucune recherche fondamentale n'aura été faite durant ce temps. Et il n'y aura plus rien à faire.
Toute recherche fondamentale n'a par définition aucune application. Pourtant toute connaissance peut un jour servir. L'évolution et l'adaptation des espèces à leurs milieux permet de mieux comprendre (et de combattre) l'apparition de résistance aux antibiotiques chez les bactéries ou aux insecticides ou aux OGM chez les insectes.

Sans recherche fondamentale, on va dans le mur.

Tout simplement.

Mais apparemment pas assez pour les politiques qui gouvernent en ce moment...

jeudi 22 mai 2008

Des tantes et de la science

Je le dis toujours, il faut avoir garder une âme d'enfant pour pouvoir faire ce merveilleux métier de chercheur. En tout cas, il faut savoir ne pas (trop) se prendre au sérieux pour rester humble, calme, cool, zen, lexomil.

Donc il faut savoir se marrer dans un laboratoire. Ce n'est pourtant pas chose facile. La recherche est un domaine qui demande beaucoup d'abnégations : votre vie sociale (vous ne voyez plus que des scientifiques), vos amis et votre familles ("mais ça sert à quoi ce que tu fais ?"), vos nuits (travailler jusqu'à 11h du soir et se dire qu'on n'a pas assez travaillé), votre santé mentale (pourquoi cette expérience que je recommence pour la 1000ième fois ne marche toujours pas !)...

Rigoler, se détendre... J'avais déjà montré ce que pouvait donner un petit délire de vendeur de matériel de laboratoire, mais quid des chercheurs eux-mêmes, leurs arrivent-ils de se lâcher un peu de temps à autres ?

La réponse est les Ig Nobels. Il s'agit de prix remis chaque année dans divers domaines scientifiques (médecine, physique, etc) pour des travaux relativement improbables qui "font rire" avant de "faire réfléchir". Exemples : le pet comme moyen de communication chez les poissons, le lien entre musique country et taux de suicide. Celui-là aussi, des chercheurs qui ont montré que les rats de peuvent pas à l'oreille faire la différence entre du japonais à l'envers et du néerlandais à l'envers...

Devant cette science magnifique, devant tant d'efforts accomplis, devant des découvertes qui révolutionnent le monde qui nous entoure, devant le recul jour après jour de l'obscurantisme, j'ai envie de dire...




Étonnant, non ?

mercredi 21 mai 2008

Tazzé vivant

C'est Le Monde qui l'annonce (et la BBC aussi, mais we are in France, we speak french, comme disait un poète français du 21ième siècle), qui annonce donc que l'ADN du tigre de Tasmanie a été "ressuscité".

J'en conclue donc que l'ADN est vivant au même titre que vous, moi, votre chat, les insectes qui vous font chier en été...

L'ADN n'est évidemment pas vivant en tant que tel, mais il permet à l'organisme de vivre par le truchement de petits trucs sympa appelés gènes. Ces deux médias parlent en fait du fait que des chercheurs australiens et américains ont réussi à cloner un gène du fameux tigre dans des embryons de souris et à le faire fonctionner.

Que nos chers députés s'inspirent de cette découverte, les OGM peuvent servir à ressusciter des gènes de bestioles mortes depuis longtemps...

Comment diable ces chercheurs ont-ils réussi cette prouesse ? En séquençant le fameux gène, pardi. Ils sont allé chercher des spécimens du tigre et des tissus conservés dans de l'alcool et ont commencé à séquencer. Dans les textes, c'est simple. Dans la pratique, c'est dur. Séquencer de l'ADN normal peut être dur, mais quand il est ancien, c'est du domaine du très très dur.
Pourquoi ? Parce que l'ADN ancien subit un très grand nombre de dégradations chimiques qui rendent son séquençage compliqué. Il faut éviter toute contamination avec de l'ADN externe (celui qui flotte dans l'air, par exemple), il faut refaire les expériences un grand nombre de fois pour contourner le fait que l'ADN que l'on cherche est présent en très petites quantité. En plus, il est en tout petit morceau.

Tout ceci rendait le séquençage d'un gène entier ancien pas gagné au départ. Donc chapeau, puisque non seulement ils ont obtenu une séquence entière, mais en plus elle semble marcher.

Je coupe ici toute science fiction : ce n'est pas demain la veille que le tigre de Tasmanie pourra gambader à nouveau dans les plaines tasmaniennes. Il y a une différence entre séquencer un gène et séquencer un génome, et la tâche est autrement plus dure dans ce cas. De plus, même avec le génome, on ne peut pas recréer un organisme d'un claquement de doigt, il faut transférer le génome dans une cellule (clonage) et développer l'embryon ainsi obtenu, c'est à dire le mettre dans un utérus. Et là, lequel prendre ?

Donc ce gène zombie, c'est un petit pas pour la science, et un petit pas pour le diable de Tasmanie.

Sinon, notre chère ministre de la recherche a donné une interview dans le journal Le Monde, interview où elle explique que la création d'instituts de recherche au sein du CNRS, c'est bien. Pourquoi ? Parce que c'est bien, justement. On n'en apprend pas vraiment plus, notre chère ministre maniant avec soin la langue des forêts (pardon, de bois).
Ce qui ressort, c'est la volonté du monde politique de contrôler le monde scientifique par la nomination des directeurs d'instituts. Cette volonté de contrôle peut nuire si elle prive la recherche d'une liberté de mouvement indispensable à son bon fonctionnement.




Quand au temps, il est pas tip top aujourd'hui...

mardi 20 mai 2008

Comme unique con...

Puisque la taille de mes messages sont inversement proportionnels au nombre de commentaires (merci snoow), j'ai décidé ce matin d'avoir un peu la paix et d'écrire un message un peu plus long que celui d'hier (en même temps, ça va pas être dur, à part se lancer dans une grande série en 26 épisodes intitulée "les lettres de l'alphabet"...).

Donc, ce matin, de quoi que j'vais causer dans le web, de science évidemment, mais surtout de comment les scientifiques communiquent-ils.

Dire que la communication est essentielle en science, ce serait dire que le service est essentiel dans un grand restaurant, on radote à mort, là. Je dirai plutôt que la communication vaut la moitié du travail de scientifique, en temps et en importance. Les colloques, les articles, les séminaires, les réunions font partie intégrante de la science aujourd'hui.

En temps tout d'abord, c'est une activité très prenante (voire très chiante quelque fois). Un article ne s'écrit pas comme ça, au fil de la plume et de l'inspiration. Tout article est basé sur des résultats qui viennent soutenir une réflexion sur un sujet particulier. Donc après avoir fait les expériences et eu les résultats, il faut écrire un article de quelques pages qui présente cette réflexion et les résultats qui vont avec.
Ça n'a rien d'automatique.
En général, les articles sont plus courts que ce que l'on voudrait y mettre. Cela impose une certaine gymnastique, comme pour faire rentrer quatre éléphants dans une deux-chevaux. Ensuite, il faut que le sens reste, c'est à dire que les quatre éléphants n'aient pas l'air d'étouffer, mais de se sentir bien là où ils sont.
Une seule version ne suffit pas. Quand un article est soumis à un journal qui le fait lire à des gens aussi gentils que des inspecteurs des impôts qui vont vérifier si on a mis deux "n" à conard et un à cannard. S'ils ne sont pas contents, ils demandent de refaire des expérience, parfois justifiées, parfois pour faire chier.

Donc écrire un article prend du temps. Préparer une conférence aussi. Le challenge est de rendre un sujet totalement inintéressant en quelque chose d'absolument génial qui fera sauter le public sur les chaises. Cela ne se fait pas en un jour...

Plus important que le temps, la communication en science est ce qui la fait vivre. Un scientifique tout seul, dans son coin ne fera jamais avancer la science. C'est en contact avec les autres que le scientifique avance. Qu'est ce qui se fait en ce moment, dans mon domaine ou ailleurs, les dernières avancées, les dernières méthodes. Pour servir à quelque chose, des résultats doivent être transmis au reste de la communauté scientifique, sinon, ils sont aussi creux qu'un discours de secrétaire général de parti majoritaire en France.

P.S. : Boulet parle de culture poubelle aujourd'hui et fait une comparaison avec l'ADN poubelle, l'ADN qui ne sert à rien...

lundi 19 mai 2008

Rien (3)

Nothing

vendredi 16 mai 2008

Grave, la grève

Hier était organisé une journée d'action par les agents du service public pour protester (pas contents, pas contents) contre les suppression de postes annoncées dans le service public.
Les chercheurs français, étant également membres du service public, avaient décidé d'y participer, en tout cas certains chercheurs.

D'un certain coté, je trouve ça rigolo, les chercheurs qui font grève.

Un des principes de la grève est d'attirer l'attention du grand public sur un problème particulier des grévistes. Par exemple les toilettes de l'entreprisene proposent que du savon à la lavande alors que gros-Roger il est allergique, ou bien travailler et payer des impôts en France depuis des années et se voir refuser toute possibilité de régularisation.
Pourtant, à la base, la grève n'est pas forcément sensée emmerder tout le monde. Ainsi les occupations d'usines n'empêchent personne d'emmener leurs bambins à l'école.
Certaines grève ont un capital emmerde plus important, comme les grèves dans les transports publics. On entend ces jours-là à la radio des messages d'alerte qui préviennent de ce type de grève pour que les usagers prennent leurs dispositions.
Les grèves les plus spectaculaires (et les plus efficaces ?) sont celles qui emmerdent le plus les usagers. Aux grévistes d'être imaginatifs.

Alors quand les chercheurs disent qu'ils font grève, je me marre un peu en imaginant la scène suivante :

Un père de famille écoute la radio le matin au petit déjeuner. Il s'arrête net en entendant "Attention, grève des chercheurs aujourd'hui. Le mouvement risque d'être très suivit". Le père de famille lâche sa tartine et fonce dans la salle de bain.
"Chérie, les chercheurs sont en grève aujourd'hui."
"Meeeerde. Bon, je vais voir les enfants, vas chercher les revues."

La mère va voir ses enfants et leur dit : "Bon, les chercheurs font grève aujourd'hui, ce qui veut dire que la science ne va pas avancer d'un pouce. Comme toujours dans ces situations, à nous de nous débrouiller. Venez avec moi."

Les enfants suivent la mère jusque dans le salon. Le père les attend avec des revues entre les mains.
"Voici les deux dernières issues de Nature et de Science, plus un Genome Research et un Molecular Biology and Evolution parce qu'on est pas des sagouins. À vous d'analyser et de critiquer des articles intéressants. À vous de faire avancer la science aujourd'hui"
"Maman, je peux avoir un PLoS, s'il te plait ?" fait la plus grande.
"Bien sûr, tu sais que les journaux open access sont bons pour ta croisance."

La mère descend à la cave pour utiliser son labo de biologie moléculaire perso. Le père allume son ordinateur et commence à analyser le génome humain.

Franchement.
Une grève de chercheurs ne va pas changer la façon dont le français moyen beurre sa tartine le matin. Ce n'est pas pour ça que faire la grève pour des chercheurs ne sert strictement à rien. Mais ça ne sert pas à grand-chose de nos jours.

jeudi 15 mai 2008

Ya quoi dans mon ADN ?

Deux personnes ont récemment eu la chance de voir leur génome séquencé.

La première a été Craig Venters, qui restera plus célèbre dans l'histoire de la science pour avoir voulu breveter le génome humain que pour son incroyable habilité aux fléchettes. C'est le Craig Venters Institute qui a permis cet exploit technique, ce qui révèle l'élan de modestie qui a précédé cet exploit.

La deuxième a été plus récemment James Watson, heureux lauréat du célèbre prix "What you did was wonderful" de l'académie des sciences de Stockholm, et auteur de récents propos sur l'Afrique que ne renierait pas le politicien borgne breton. Cette fois, ce n'est lui qui a lancé le projet, la modestie règne donc chez James Watson.

Donc, nous voilà avec deux génomes individuels, en plus du génome humain "officiel", celui publié en 2001 (et republié depuis), celui utilisé dans les études génomiques depuis 2001. La question que peut-être vous vous posez est à quoi ceci peut-il bien servir. Question intéressante qui mérite qu'on s'y attarde, tant les progrès dans ce domaine sont rapides.

Tout d'abord l'intérêt technique. Il est plus que limité. Aucune technique nouvelle n'a été inventée pour l'occasion, on a utilisé la bonne vielle méthode du shotgun pour Craig, du pyrosequençage pour James. Rien de révolutionnaire, si ce n'est le temps nécessaire limité, il y a un avantage dans ce cas.

L'intérêt biologique ensuite. Il n'est également pas, je pense, à la hauteur du projet. Il y a un intérêt à séquencer le génome de beaucoup de personnes car il permet de faire des études beaucoup plus précises sur le fonctionnement du génome ou son évolution. Mais le coût très élevé du projet rend quasiment impossible son application au grand public. À part être une légende vivante ou de débourser plusieurs millions de dollars, ce n'est pas demain la veille que votre génome sera publié au vu et au su de tout le monde. Dommage, je suis sûr d'avoir des belles séquences Alu.

L'intérêt de la manœuvre est plus large et un peu plus discutable.
Il s'agissait de plus ou moins rendre hommage à deux grand noms de la science... On peut vraiment en discuter, l'un a tout fait pour que votre propre génome ne vous appartienne plus, l'autre a dû démissionner après des propos que l'on peut qualifier de racistes sans crainte de procès en diffamation.
Il s'agit ensuite de développer le business du génome. Le génome de notre ami Craig a révélé pas mal de choses, notamment certaines prédispositions à des maladies cardiovasculaire. Le but est d'utiliser les données inscrites dans les génomes pour pouvoir mieux combattre certaines maladies. La belle affaire.

C'est le retour du saint Graal de "on va tout guérir avec ça", la seule carotte qui marche vraiment d'ailleurs. On l'avait déjà sortie pour séquencer un génome humain en 2001, on nous la ressort aujourd'hui. Le problème est le problème des gènes de prédisposition. Avoir une prédisposition ne veut pas dire tu vas crever comme une merde de ton cancer, ça veut juste dire qu'à environnement égal, c'est plus facile pour toi de choper des métastases.
L'environnement dirige une grande part de l'orchestre dans cette affaire, le facteur chance aussi. Un gène de prédisposition n'est qu'une donnée de l'histoire.

De plus, le prix exorbitant représente un frein à une utilisation humaniste et cause un décalage entre ceux qui peuvent et les autres. Mya Roche dans le périodique britannique Nature le présente très bien en renvoyant dos à dos les conséquences pour notre pote James et pour un quidam moyen.

Plus grave, les données génomiques peuvent être utilisées à des fins discutables, notamment les prédispositions qui peuvent êtres prises pour argent comptant. On est pas loin de dire Bienvenu à Gattaca.
Le séquençage personnel représente un business en pleine expansion. Ainsi ces compagnies américaines qui propose de détecter certaines prédispositions pour l'équivalent d'une semaine de salaire de banque française. À quand le gène de l'agressivité découvert chez N. S. ?

Reste que le séquençage personnel représente bien un intérêt pour la science, pour permettre des études plus précises sur l'évolution de l'Homme par exemple. Mais il faut imposer des barrières à ne pas franchir. On peut imaginer la non-publication des données, mais cela pose pas mal de problèmes. Il faut encore creuser la question.

mercredi 14 mai 2008

La recherche, c'est avant tout des hommes et des femmes...

Les scientifiques sont des gens pas comme les autres.

J'imagine que vous voyez les scientifiques comme des personnes inintéressantes au possibles qui passent leur vie à étudier un problème que seulement trois personnes dans le monde peuvent tenter de comprendre.
Mais, quand vous leur dites que ce qu'elles font ne sert à rien vous hurlent à la figure que si, ça sert à quelque chose, ça sert à comprendre le monde. Reste que vous beurrez toujours vos tartines de la même manière le matin.

Il y a un peu de vrai là-dedans (un peu seulement).
Les scientifiques savent rire, parfois.

En tout cas les compagnies qui vendent du matériel au scientifiques, elles, savent rire et savent faire rire les scientifiques (très dur, ça).

Pour preuve, ces deux vidéos promotionnelles pour deux produits différents.
L'une pour des machines à PCR, la photocopieuse de l'ADN. On peut y télécharger les paroles de la chanson, elles sont à se rouler par terre.
L'autre pour des stérilisateurs de milieux de culture cellulaire. Très drôle aussi.

Comme quoi, en science, on arrive à rire parfois...

mardi 13 mai 2008

Jouons avec les maux

"Souvenez-vous du slogan de Mai 68: ‘Vivre sans contraintes et jouir sans entraves’. Voyez comment l'héritage de Mai 68 a liquidé l'école de Jules Ferry, qui était une école de l'excellence, du mérite, du respect, une école du civisme [...]. L'héritage de Mai 68 a introduit le cynisme dans la société et dans la politique. Voyez comment le culte de l'argent roi, du profit à court terme, comment les dérives du capitalisme financier ont été portés par les valeurs de Mai 68. Puisqu'il n'y a plus de règles, plus de morale, plus de respect, plus d'autorité, puisque tout se vaut, alors tout est permis".
N. S.

Il est vrai qu'en ce moment, je joue les vampires à utiliser les citations des autres pour nourrir ce blog, mais je suis tombé sur cette phrase plus ou moins populaire du plus impopulaire des présidents de la 5ième dans un numéro hors série de Télérama. Cet hors série, très bien construit, du reste, est donc entièrement consacré à Mai 68, le fil des événements, l'héritage aujourd'hui.

L'héritage, c'est donc N. S. qui en parle assez vigoureusement dans cet extrait d'un discours de campagne à Bercy le 29 avril 2007. Il serait intéressant de sortir du contexte d'une campagne électorale, dont la vacuité des propos faisait écho à la qualité des commentaires de journalistes. Sortons donc son texte de la campagne électorale et plongeons le dans la folie commémoratrice qui transforme n'importe quel quidam en historien spécialiste de la chienlit.

"Souvenez-vous du slogan de Mai 68: ‘Vivre sans contraintes et jouir sans entraves’."
N. S. commence par généraliser : il confond Mai 68 dans son ensemble et un slogan, certes quelque peu représentatif, du mouvement étudiant de cette période. Mai 68 a commencé par les étudiants, mais n'a pas été un mouvement étudiant. Mai 68 a été un mouvement de société qui a touché de près ou de loin toutes les classes, toutes les couches de la société, des ouvriers au pouvoir.

"Voyez comment l'héritage de Mai 68 a liquidé l'école de Jules Ferry, qui était une école de l'excellence, du mérite, du respect, une école du civisme [...]."
J'adore.
N. S. passe du coq à l'âne, il passe d'un slogan étudiant qui parle de liberté et de jouissance, bref de vie, à une considération sur l'école. Si j'en sortais une comme ça dans un texte, elle ne passerait jamais. Ce saut, aussi décousu et incongru soit-il aux premiers abords, est complètement vide de sens. N. S. fait l'amalgame entre la liberté de vivre et l'abandon de l'excellence. L'un n'empêche pas l'autre, bien au contraire. Il est tout à fait possible, et même souhaitable d'un certain coté, de pouvoir jouir d'une liberté de vie, de choix, de pouvoir se détacher de contraintes pour pouvoir ensuite aspirer à faire de grandes choses, qui est une forme d'excellence.
N. S. associe ensuite la volonté de vivre plus librement dans une société qui étouffe littéralement à la fin du civisme et du respect. Mais comme plus dit plus haut, les deux ne sont pas incompatibles. "Vivre sans contraintes" ne signifie pas "se foutre du monde qui nous entoure". Une des caractéristique de Mai 68 pour les étudiants est la prise de conscience des problèmes du monde qui les entoure (Palestine, guerre du Vietnam), donc quelque part un sursaut de civisme, mais mondial. Ce qu'ils veulent par dessus tout, ces jeunes, c'est du respect. Donc ce slogan participe à un appel au respect.

"L'héritage de Mai 68 a introduit le cynisme dans la société et dans la politique." Les cyniques de la 3ième et de la 4ième doivent se retourner dans leurs tombes. Il est vrai qu'avant Mai 68, la politique était toute rose et joli, le paradis dans le palais Bourbon. On nage franchement en plein syndrome "toutes les femmes sont des salopes à cause de Eve qui a bouffé la pomme, cette salope".

"Voyez comment le culte de l'argent roi, du profit à court terme, comment les dérives du capitalisme financier ont été portés par les valeurs de Mai 68."
On reste dans l'association à outrance, à savoir blâmer sur un événement du passé (dont les acteurs vous sont opposés) et auquel vous n'avez participé en rien les problèmes du présent par le truchement de raccourcis intellectuels plus malhonnêtes qu'un candidat de droite à la mairie de Lyon. N. S. Reste toutefois dans la même ligne. Il essaye aussi de blâmer les anciens acteurs de Mai 68, dont on dit qu'ils ont versé dans l'argent facile et le pouvoir. Il assimile l'individualisme outrancier et financier (même s'il se fait volontiers inviter par l'un de ses représentants) et toutes les dérives qui en découlent aux revendications libertaires de la jeunesse de Mai 68, à savoir pouvoir respirer un peu dans une société qui s'emmerde. Du reste, il commet une erreur grave en disant que Mai 68 a causé le culte de l'argent roi. Les acteurs les plus actifs de Mai 68 sont assez politisés et, me semble-t-il, relativement à gauche (maoïstes, trotskistes, etc).

"Puisqu'il n'y a plus de règles, plus de morale, plus de respect, plus d'autorité, puisque tout se vaut, alors tout est permis."
Là aussi, les raccourcis font foison.
Tout d'abord, il compare la morale aux règles qui gouvernent n'importe quelle société. Sauf que ce n'est pas la même chose. Les règles sont écrites et, dans une démocratie, émanent du peuple par l'intermédiaire d'élus. La morale est imposé par un faible nombre sur toute la société au nom de principes archaïques et déphasés de la réalité. Il continue ensuite avec le respect, mais on a vu plus haut qu'il fait en cela un lecture fausse de Mai 68.
Il termine avec l'autorité, et c'est là, je pense, qu'il montre le vrai visage de sa pensée. Pour lui, la mort de l'autorité est inacceptable, puisque c'est l'autorité qui gouverne une société. Les élucubrations campagnardes mises à part, N. S. nous montre la société telle qu'il la voit, dans laquelle c'est l'autorité qui gouverne, c'est à dire la classe dirigeante, le président, les patrons, les chefs de familles (père ou mère). Le reste de la société soit suivre, sans broncher, elle n'a pas son mot à dire dans l'histoire. Pour N. S., l'autorité seule peut diriger : il assimile absence d'autorité à absence de règles, qui équivaut au chaos total.

N. S. se trompe lourdement dans la vision qu'il a de la société. Ce n'est pas l'autorité qui gouverne au peuple, c'est le peuple qui se gouverne lui-même, en tout cas dans une démocratie. L'autorité, chère à N. S., n'émane pas de lui, mais du peuple. C'est lui qui l'a élu un an plus tôt, c'est lui qui le hait un an après.

Cette dernière phrase est donc révélatrice de la manière dont N. S. voit la société, le peuple et son pouvoir. Il voit son pouvoir comme quelque chose de naturel, dans l'ordre des choses. Il ne considère pas que le peuple puisse avoir son mot à dire. Il ne peut pas accepter qu'on le haïsse et il ne peut pas assimiler ce que veut dire les sondages négatifs qui s'accumulent. Pourtant, cette vision du pouvoir et de l'autorité est loin d'être isolée. Je crois que tous les présidents de la 5ième ont plus ou moins eu cette vision des choses, d'un pouvoir au dessus du peuple, pas en émanant. Mais un pouvoir au dessus du peuple ne peut que mal gouverner.

Il est assez inquiétant de constater que, 40 ans après, la vision de la société par les classes dirigeantes n'ait pas vraiment bougé. Puisqu'en ce sens, Mai 68 n'aura au final servi à rien, alors Mai 68 doit être rangé au rang d'événement historique, là où doit être sa place.
Mai 68 aura été une formidable aventure humaine, une bouffée d'air frais dans une société viciée dont on ressent encore aujourd'hui les effets. Mais je reste persuadé qu'il faut une fois pour toute ranger cet événement dans l'Histoire, au moins pour éviter les récupérations idéologiques de tout bord.

lundi 12 mai 2008

Encore un clip...

Les macs, je trouve ça de mieux en mieux (si, si).
On peut faire tout plein de trucs avec un mac que l'on ne peut pas faire avec un PC, même si Linux peut le faire aussi (parfois). Mais Linux a moins la classe qu'un mac...

Donc le mac, en gros, c'est bien.

En tout cas, il y a des groupes qui ont trouvé comment s'en servir pour faire un joli clip...





P.S. : le groupe s'appelle The Bird and the Bee. La musique est pas mal du tout.

Merde

"Il est absolument insupportable que des délinquants sexuels dangereux récidivistes soient remis en liberté au seul motif qu'ils ont purgé leur peine."

Cette phrase magnifique est l'œuvre de Rachida Dati, notre bien-aimée Garde des Sceaux dans une interview donnée au site internet de Paris Match, journal d'opposition bien connu de Micheline qui se fait peroxyder le cuir chevelu le samedi matin pendant que son Roger joue avec des boules et avec ses copains en sirotant un 51.

Je remet la phrase, tant elle est magnifique :
"Il est absolument insupportable que des délinquants sexuels dangereux récidivistes soient remis en liberté au seul motif qu'ils ont purgé leur peine."

Donc, si j'essaye de lire entre les lignes, je suis sensé lire ceci :
"Les criminels dangereux et récidivistes ne doivent pas être remis en liberté car ils représentent une menace pour la société et pour nos enfants."

Sauf que mon esprit tordu veut lire quelque chose un peu différent entre les lignes et découvre ceci :
"Ce n'est pas parce qu'on a purgé sa peine de prison que l'on peut forcément être libre et sortir de prison. Les gens qui permettent à ces criminels, car ils restent des criminels, de sortir de prison, même en ayant purgé leur peine, sont irresponsables."

Ce qui donne ensuite, quand on pousse un peu le bouchon, quelque chose comme ça :
"Les peines de prisons ne servent à rien. Certaines personnes doivent être mises à l'écart de la société pour toujours, même si cela veut dire bafouer leurs droits élémentaires. Comme certaines personnes naissent dangereuses par nature, autant les enfermer pour de bon."

Voir, si on est un peu plus tordu :
"Nous allons dans les prochains jours proposer une loi visant à rétablir la peine de mort pour les gens qui sont détectés comme dangereux à la naissance. Cette mesure indispensable pour la sécurité de nos enfants va bien sur s'accompagner d'autres mesures visant à détecter les comportements asociaux dès l'age de trois ans pour éliminer les sujets les plus potentiellement dangereux. Le but ultime de ces méthodes justes et équitables est une société plus juste, plus égale."

"Il est absolument insupportable que des délinquants sexuels dangereux récidivistes soient remis en liberté au seul motif qu'ils ont purgé leur peine."

Je sais, c'est aller un peu loin dans le délire. Mais cette phrase bafoue tellement les principes fondamentaux du droit que le délire est très facile.

Le principe d'une peine de prison est qu'elle doit permettre au condamné de payer sa dette à la société et de pouvoir redevenir un citoyen à part entière. Un peine de prison est donc adaptée à la gravité du crime, et aussi un peu au condamné. Si une peine n'est pas adaptée, c'est la peine qu'il faut changer, pas les conditions de sortie. Quand une peine est effectuée en totalité, il n'y a rien qui puisse expliquer que l'on garde quelqu'un enfermé.

Dans le cas des récidivistes, l'équation est, certes, plus complexe, mais le principe reste le même. Je comprend bien sur combien il est facile de s'insurger contre un système qui fait qu'un récidiviste puisse commettre un nouveau crime, je n'ose imaginer la douleur que l'on peut ressentir quand on est victime d'un crime commis par quelqu'un qui vient de sortir de prison. Quelque chose a cloché quelque part.

Mais y répondre par une phrase qui contredit tous les principes et les règles que l'on est sensée défendre, c'est plus qu'une gaffe, madame, c'est ignoble d'incompétence et d'idéologie réactionnaire, conservatrice et dangereuse.

Donc, je suis un peu énervé.

vendredi 9 mai 2008

Quand le gène ne pense qu'à lui

Deuxième partie concernant les gens qui ont loupé à tort le prix Nobel. Je vous avais déjà parlé de Motoo Kimura et de son évolution neutre qui avait révolutionné la biologie. Aujourd'hui, on va parler d'une autre petite révolution de l'évolution avec le gène égoïste de Richard Dawkins.

Comme pour Kimura, replaçons nous dans le contexte. Nous sommes dans les années 70 cette fois, c'est à dire 10 ans plus tard que dans les années 60, mais la société a bien changé. On a légalisé la pilule et l'avortement (merci Simone). Les jeunes cons sont devenus majeurs plus tôt, ils le sont toujours. Les Beatles sont séparés mais Pink Floyd et sa face caché de la lune envahit le monde. Les drogues pleuvent, en même temps que les expériences de vie communautaires et alternatives dans le Larzac.

Kimura n'a pas encore eu le temps de révolutionner l'évolution avec l'évolution neutre, la sélection naturelle est donc toujours considérée comme au début du siècle, encore que certains choses sont sorties du lot, comme la sélection de groupe, par exemple. Toujours est-il que la sélection naturelle, pour les scientifiques de l'époque, agit en gros sur l'individu.

Sauf que, me direz-vous.

Sauf que le phénotype d'un individu, ses caractéristiques, dépend de son génotype, de l'information génétique contenue dans ses cellules. De plus, c'est cette information et aucune autre qui est transmise à la génération suivante lors de la reproduction, sexuée ou non.
Donc, toute modification de l'information génétique se traduit par un changement dans le phénotype, et la transmission de cette information modifiée à la génération suivante, pour peu que ces modifications aient affecté le génomes des cellules sexuelles (spermatozoïdes et ovules).
L'évolution dépend de la transmission de l'information génétique à la génération suivante. Donc si une modification dans l'information génétique a pour conséquence que cette transmission se fait moins bien (mutation qui fait que l'on produit moins de cellules sexuelles, par exemple), cette modification sera contre-sélectionnée : ceux qui la portent aurons moins de descendance et la modification sera de moins en moins présente dans la population.
Par conséquent, l'évolution agit sur l'information génétique.
L'information génétique est contenue dans le génome, sous la forme de gènes qui codent pour différentes chose, surtout des protéines. Donc l'évolution agit sur les gènes.

Tout ça est très joli, mais il y a une limite entre la sélection agit sur les gènes et la sélection agit uniquement sur les gènes. En fait, il y a une Grande Muraille de Chine avec un garde armé tous les 20 mètres entre la sélection agit sur les gènes et la sélection agit uniquement sur les gènes.

Et bien, l'explication est en partie contenue plus haut. Les gènes codent pour des protéines qui déterminent le phénotype de l'individu mais sont également tout ce que les parents transmettent toujours à leurs enfants. Donc la sélection naturelle agit uniquement sur ce qui est transmit, c'est à dire les gènes. Richard Dawkins a lancé le terme de gène égoïste dans le sens que le gène n'est "concerné" que par sa propre survie et sa propre transmission, pas la survie de l'individu qui le porte.

Ceci n'est pas allé sans conséquences, vous l'imaginez bien. Ce n'est peut-être qu'à la lumière de ses conséquences que l'on peut juger de la portée d'une découverte.

La conséquence principale a été la redéfinition de la notion et de la place de l'individu en biologie.
Avant, l'individu, l'organisme était le centre de tout, l'unité du vivant. Après, son "importance" a dû être revue fortement à la baisse. Ainsi, l'individu n'est plus qu'un vecteur de gène, un transporteur et transmetteur de gène. L'individu n'agit plus sur sa vie et son histoire, il subit ce que ses gènes lui disent de faire. Ça passe en biologie, moins bien dans d'autres domaines ou pour d'autres personnes qui acceptent mal de voir l'Homme devenir un vulgaire sac de gène. C'est compréhensible, mais le sac de gène a une réalité bien ancrée en biologie.

L'autre conséquence a été la possibilité d'expliquer des comportements qui jusque-là allaient plutôt à l'encontre de la sélection naturelle "historique". Ainsi les comportements d'altruisme ou de coopération, voire même certains parasitismes ont pu être expliqués par l'évolution.
Si la sélection opère au niveau de l'individu, on voit mal comment un individu qui sacrifie sa vie pour un autre membre de la population peut avoir un avantage évolutif à long terme. Ces comportements devrait être contre-sélectionnés et disparaitre. Certains parasites devraient aussi disparaitre. Quand un parasite provoque la mort de son hôte, il provoque sa propre mort.
Avec le gène égoïste, tout devient possible.
L'altruisme peut s'expliquer comme ceci. L'individu A aide l'individu B qui transmet ses gènes. Si l'individu A et l'individu B portent les mêmes gènes, alors ceux de A pourront être transmis. Donc l'altruisme n'est pas aider son prochain mais s'assurer que des gènes proches des nôtres soient transmis.
Idem pour les parasites. Si provoquer la mort de son hôte veut dire que la descendance du parasite soit mieux transmise, alors les gènes du parasite seront mieux transmis.

Il est vrai que la conséquence majeur a été la redéfinition de l'individu. Personnellement, cela ne me gène (hoho) guère d'être un sac de gène. D'abord parce que c'est ce que je suis biologiquement parlant, ensuite parce que cela ne m'empêche pas de vouloir faire pleins de truc dans ma vie.

jeudi 8 mai 2008

C'est le printemps...

Alors je me mets au vert...

Attendre

Encore et encore, il faut attendre. Attendre jusqu'au 25 mai pour être précis.
Chaque année, c'est la même histoire. Dès que les beaux jours reviennent, dès que les échéances scolaires ou étudiantes approchent, je me retrouve fébrile à attendre.

Rolland-Garros, quand vas-tu enfin débarquer sur nos écrans ?
Je t'en supplie, ne traîne pas en route, ne t'attarde pas pour aller voir du foot, ou de l'athlétisme.

Ce que je veux, c'est du tennis. Ce que je veux, c'est pouvoir regarder des joueurs et des joueuses courir comme des fous après une petite baballe jaune sur un terrain qui ressemble plus au desert du Nevada qu'à la banlieue huppée de Paris. Ce que je veux, c'est pouvoir regarder un sport sans avoir à se taper des commentaires de merde et pouvoir entendre le jeu, rien que le jeu, le bruit de la baballe contre le cordage, les râles d'épuisement des joueurs et les cris des joueuses, les glissades sur le terrain, les clameurs du public.

Ce que je veux surtout, c'est pouvoir le temps de quelques échanges oublier toutes mes échéances et tout mon travail en retard pour vibrer un peu (une fois n'est pas coutume) quand il y a du sport dans le poste.
Faut-il mentionner aussi la chaine qui retransmet cette événement et qui sait le rendre vraiment intéressant sans artifice, qui sait aussi s'amuser, même quand il s'agit d'une des plus sérieuse compétition de tennis de l'année.

Pour ajouter à la souffrance de l'attente, il y a des terrains de tennis en bas de mon laboratoire. Il fait très beau depuis quelques jours, alors quand j'ouvre la fenêtre, j'entends les bruits de parties de tennis. J'essaye de couvrir avec de la musique, mais rien n'y fait.

Je ne pense pas pouvoir tenir jusqu'au 25.

mercredi 7 mai 2008

Théo Rick et son ex Perry Manthal sont dans un labo

Rentrons aujourd'hui dans le vif de la science, les mains dans le cambouis de la pensée scientifique et attaquons-nous à un sujet qui fait beaucoup parler, à savoir les approches théoriques et expérimentales en science.

Une approche théorique d'un problème scientifique est tout simplement de formuler un modèle théorique gouvernés par un certain nombre de paramètre, et d'essayer de faire coller ce modèle aux données réelles du mieux possible. Pour ce faire, on peut affiner les paramètres d'un modèle, en ajouter ou en retirer. Le mot "théorique" est quelque peu galvaudé car il n'implique pas forcément que l'approche théorique consiste uniquement à pondre des théories (au sens scientifique).
Par exemple, on veut expliquer l'attention des élèves masculins dans un amphi de fac. Pour cela, on va poser plusieurs paramètres, comme le sujet du cours, la période de la journée, le nombre de décolletés des élèves féminines, et d'autres. Puis on va faire varier comment ces paramètres influencent l'attention des élèves pour que les prévisions du modèle collent avec ce que l'on observe.

Une approche expérimentale consiste à partir une hypothèse de travail et tout simplement de tester cette hypothèse par des expériences. On fixe certaines conditions et on regarde ce qui se passe quand on fait varier d'autres conditions. C'est une approche qui semble être beaucoup plus active que celle théorique car l'expérimentateur fait varier comme il l'entend les conditions qu'il veut tester.
Pour reprendre l'exemple utilisé plus haut, imaginons que l'on veut tester l'effet du nombre de décolletés féminins dans un amphi sur l'attention des élèves masculins. L'hypothèse est plus il y a de décolletés, moins les élèves sont attentifs. On prend le même cours, le même amphi, le même prof et on fait varier uniquement le nombre de décolletés, puis on regarde le résultat.
Un expérience seule ne vaut quasiment rien, alors il est nécessaire de tester plusieurs conditions différentes en fonction du cadre que l'on se fixe.

Voilà pour l'aspect descriptif. Voici venu le temps de la partie qui fait mal au crâne.

Tout d'abord dire que ces deux approches sont différentes revient à ne rien dire. Donc je ne le dirai pas.

Ensuite, dire qu'elles ne s'appliquent pas du tout aux mêmes domaines, moins sûr.
Il y a évidemment des domaines où l'une ou l'autre des méthodes est privilégiée. La physique quantique ou les travaux sur les trous noirs, par exemple, peuvent difficilement être expérimentaux. La biologie moléculaire, au contraire, est plutôt une science expérimentale.

La question est donc de savoir quand utiliser l'une ou l'autre des approches. Je pense que c'est l'aspect pratique qui gouverne en ces cas-là. L'aspect pratique est tout simplement qu'est ce que vous pouvez faire dans votre domaine, qu'est ce que vous pouvez contrôler.
En biologie cellulaire ou en chimie, il est facile d'avoir le contrôle. Vous contrôlez quelles réactions vous faites, les conditions de culture de vos cellules, les quantités des produits, vous pouvez insérer les gènes que vous voulez dans vos cellules, etc. Les possibilités sont énormes.
Dans des domaines comme l'astrophysique, vous ne contrôlez rien. Vous êtes pendus au bon-vouloir des phénomènes qui se passent à des années-lumières de chez vous.

Dans pas mal de cas, vous vous trouvez à la limite. Tout d'abord parce que même avec une approche expérimentale, il est nécessaire de donner un cadre théorique à ce que vous faites, donc poser un modèle, même s'il n'est qu'embryonnaire. Ensuite parce que même si vous ne contrôlez quasiment rien, vous pouvez étudier certains jeux de données avec certains paramètres. Même si vous ne pouvez pas ajouter ou enlever des décolletés dans vos amphis, vous pouvez toujours comparer les amphis où ils y en a beaucoup et où il y en a peu.

Un bon exemple de cette "double approche" possible est la génomique et l'évolution des génomes.
On ne peut évidemment pas manipuler un grand génome pour le faire évoluer de manière radicale, c'est à dire qu'ajouter et enlever des gènes n'a rien à voir avec l'évolution d'un génome entier (et de l'espèce qui le contient). Donc, tout ce que l'on a, c'est des génomes (presque) à la pelle. Dans cette optique, une approche théorique semble la plus appropriée car on ne peut pas modifier les génomes. Mais une approche expérimentale peut être utilisée. Je pose l'hypothèse qu'une caractéristique des génomes évolue d'une manière particulière en fonction d'un paramètre. Je regarde mes génomes et je regarde comment la caractéristique évolue en fonction du paramètre. Je ne modifie rien, mais je peux quand même "expérimenter".
Le facteur limitant est le nombre de données. Il est plus facile de faire des analyses avec beaucoup de données que pas assez. En tout cas, les résultats sont plus sûrs.

D'où la nécessité d'obtenir de plus en plus de données, sur toutes les espèces qui vivent sur cette planète, et même sur celles qui n'y vivent plus (vive l'ADN ancien). D'où la nécessité de séquencer des génomes. Plus on aura de données, plus l'image que l'on a du vivant sera juste.

Pour finir, je dirai qu'une approche théorique est très limité et limitante. Le problème de théoriser, de modéliser est qu'il est possible que ce que l'on modélise ne soit pas valable car tout simplement impossible. En biologie, il est important de savoir ce qui est réalisable et possible dans un modèle. Même si le modèle colle à la réalité, les paramètres peuvent être impossible à rencontrer dans la nature. D'où l'avantage d'expériences qui viennent éclairer les modèles et les paramètres réalisables.

mardi 6 mai 2008

La fesse et la fessée

Un an...

Un an que "vous avez voté Sarkoy" comme dirait Jean-Michel Apathie.

Un an qui a semblé tout aussi long à moi qu'à lui (je pense au vu des sondages).

Entre le "bling-bling" (je déteste ce terme, en fait, puisqu'il ne veut strictement rien dire et on peut lui faire dire tout et n'importe-quoi), la girouette sur le terrain des relations internationales et des droits de l'Homme (et de ses femmes), et les mesures économiques qui coûtent plus qu'elles ne rapportent, je crois que la palme de l'absurdité présidentielle (et de l'inquiétude personnelle) reviens non pas à la fin de la recherche en France (encore que), mais à l'idéologie nauséabonde de victimisation qui préside aux "réformes" de la justice.

La victimisation à outrance que l'on observe fleurir comme mauvaises herbes aux pieds des urinoirs me fait hurler.
Une victime est une victime, certes. En aucun cas je pense plonger dans le refrain trop entendu par les victimes de viol : "c'est de sa faute si ça lui est arrivé" (sous entendu : "bien-fait pour toi, sale trainée"). Une victime est une victime. Ce qui lui est arrivé est affreux, ignoble, quasiment insurmontable. Mais cela ne lui donne pas le droit à la vengeance, aussi ignoble le crime dont elle a été victime fut-il.
La vengeance est hors du droit, hors de la loi. Quand un criminel est jugé pour un crime, ce n'est pas lui contre les victimes de son crime, mais lui contre la société dont les membres ont été victimes du crime. Quand quelqu'un commet un crime, il ne peut plus faire partie intégrante de la société, qui alors le juge lors d'un procès, qui du reste, soit être équitable et juste.

Faire une loi uniquement pour satisfaire les victimes peut sembler bon, juste, au mieux payant d'un point de vue électoral. Mais du point de vue de la justice, c'est peut-être le pire moyen de faire une loi.
D'un point de vue idéologique pour les raison plus haut.
D'un point de vue strictement pratique simplement parce que ces lois ne marchent pas et ont des effets secondaires imprévus et désastreux. Plus simplement, quand une loi est conçue de cette manière, elle est pensée pour des cas particuliers mais s'applique à tout le monde.
Utiliser les victimes pour faire passer des lois, c'est finalement ignoble politiquement. C'est ni plus ni moins utiliser la détresse des gens, leur peine, leur douleur pour se faire mousser, passer pour le sauveur et passer ses lois en douceur.

Je terminerai sur N. S. en citant un philosophe (je ne sais plus lequel) qui disait qu'un peuple a le tyran qu'il mérite.


Pour se détendre et se défouler, allons sur Facebook, me dirons certains.
Pourquoi pas.
Mais même si pour moi ce site communautaire a un certain intérêt en cela qu'il remplace les mails "classiques" et me permet de communiquer relativement facilement avec des amis perdus dans la toundra canadienne ou les pubs anglais.
Pour tout le reste, Facebook reste pour moi une façon peu intelligente (pour ne pas dire assez conne) de passer ses journée. Pour preuve le nombre énorme d'applications toutes plus stupides les unes que les autres ("quel boisson êtes-vous ?") qui bouffent un temps énorme. À la rigueur pourquoi pas, puisque les gens n'emmerdent personne avec ça, ils restent dans leur coin.
Mais quand vous êtes impliqués de toutes parts, c'est un autre problème. Les invitations pour ces applications pleuvent, comme celles pour "un ami vient de vous acheter comme animal de compagnie"... Sympa, merci. Niveau supérieur, le partage de photos de soirées arrosées ou de situations embarrassantes, le "Mur" sur lequel n'importe quel con peu écrire ce qu'il veut au vu et au su de tout le monde...
Passer sa vie sur Facebook est un peu idiot, surtout quand il s'agit d'interagir avec des gens qui habitent votre quartier. Il est plus simple et plus sympa d'aller directement les voir...

Les problèmes commencent à sortir au grand jour. De plus en plus d'entreprises visitent le profil Facebook d'un candidat à l'embauche. Certaines armées ont demandé à leurs soldats une certaine discrétion dans leurs profils pour éviter certains problèmes. Et ne parlons pas de la pub ciblée et la vulnérabilité de données personnelles, accessibles pour un bon pirate internet.

Les anglais, prompts à rire plus qu'à se plaindre, démontrent les limites de Facebook (et en plus, c'est drôle).

Sur ce, je retourne à mon ADN...

lundi 5 mai 2008

Auto promo (vroum vroum)

Pour ceux qui trouvent que la lecture de ce blog est un plaisir quotidien, pour ceux qui trouvent que mes titres sont plus inventifs qu'un film de Michel Gondry, bref pour ceux qui aiment ce blog, je vous propose de l'aider (un tout petit peu).

J'ai inscrit ce blog chez Wikio Blogs, portail très bien fait du reste. Un des possibilités est de pouvoir voter pour les articles que l'on a aimé. Ainsi, ces articles seront plus diffusés que les articles de base. Donc si vous cherchez et lisez mes articles dans Wikio Blogs ET que vous votez pour ces articles, vous allez permettre auxdits messages d'atteindre un plus large public quasiment sans effort.

Un grand merci d'avance à vous.

P.S. : la recherche dans Wikio Blogs ne marche qu'avec les noms d'articles, pas le nom du blog.
P.P.S. : vous pouvez aussi vous enregistrer comme utilisateur et charger ce (magnifique) blog directement su Wikio et aussi voter directement...

Du cul des foi(s)

Parlons aujourd'hui des deux sujets qui font qu'un blog rencontre le succès : le sexe et la religion. Commençons par le sexe pour ensuite dériver lentement vers la religion.

C'est la BBC qui l'annonce (et le montre surtout). Cela se passe en Antarctique. Et c'est assez inattendu, voir assez choquant pour certaines âmes sensibles.

En Antarctique, donc, un phoque a essayé de violer un pingouin. Je dis essayé car apparemment, il n'a pas réussi. Ceci me fait dire qu'il s'y est pris un peu comme un manche, vu qu'il (le phoque) a essayé pendant 45 bonnes minutes. Ce qui peut se comprendre : pas la même espèce, le pauvre ne savait pas comment s'y prendre.

Les cas de rapports sexuels inter-espèce ne sont pas rares. Ils s'expliquent par l'inexpérience et la frustration sexuelle que peut causer la faible abondance de partenaire, surtout pour les jeunes mâles. Chez les phoques, c'est même relativement courant.

Ce qui est nouveau (et bizarre), c'est que dans ce cas, un mammifère ait voulu faire du sexe avec un oiseau, pas exactement le même groupe d'espèce...


Voilà pour le sexe, passons à la religion.

Vous n'êtes pas sans savoir que le créationnisme américain est l'un des plus (voir le plus) virulent et actif du monde.
Les créationnistes américains viennent de décider d'amener le front de bataille contre le darwinisme dans le terrain du mainstream et du grand public avec un film documentaire.

Le titre : Expelled: No Intelligence Allowed. Titre qui amène son petit lot de jeux de mots, ainsi on peut bien penser que l'intelligence n'a pas été un pré-requis pour accoucher de ce machin.
Reprenant une formule à la Michael Moore (qui s'essouffle un peu), soit un homme célèbre américain qui se met en scène et parcourt les States pour tenter de prouver de la toute puissance du créationnisme.

Tout y passe : le lobby des évolutionnistes pour empêcher le créationnisme d'avoir la place qu'il mérite, les critiques habituelles de l'évolution, à savoir que Darwin est responsable des Nazis, des camps de concentration, de l'avortement, du communisme et de tout ce qui peut clocher aux États-Unis. Les arguments capillo-tractés (enfin, arguments...) font réminiscence à l'Atlas de la Création, autre œuvre pseudo-scientifique sensée nous démontrer l'erreur de l'évolution.

Les journalistes américains ne s'y sont pas trompé : toutes les critiques (les journaux ultra religieux/de droite mis à part) sont mauvaises.
Plus inquiétant, le public a été moins tranchant. Le film a rencontré un succès, modeste certes, mais un succès quand même. C'est moins effrayant que si le succès avait été franc et massif (encore que le film soit encore à l'affiche au pays de l'oncle Sam). Pourtant, je ne puis m'empêcher d'avoir peur.
En effet, Le public de masse n'est pas habitué à réfléchir de lui-même, il est plutôt habitué à recevoir les opinions toutes cuites, pour peu qu'elles soient bien habillées. Donc un film comme celui-là a toutes les chances de recevoir un écho favorable (en tout cas, non défavorable) et une acceptation passive des thèses qu'il y présente, sans tentative de critique constructive et scientifique. Certes les critiques de film existent (et ont fait leur boulot dans ce cas) mais le problème d'une rumeur qui ne meure pas est qu'elle cesse d'être une rumeur. De même cette hypothèse (j'appuie le mot hypothèse) du créationnisme peut gagner sa normalité par le grand public.
Chose qu'ont très bien comprise les auteurs et producteurs du film. Le public est roi, laissons-le décider. Il aura juste, quoi qu'il décide, non ?

vendredi 2 mai 2008

Quoi de neuf en sciences (3)

Après la bouffe qui influence le sexe d'un futur bébé, après les espèces qui arrivent à survivre sans sexe, voici venu le temps des molécules qui évoluent... toutes seules.

C'est la revue open source PloS Biology qui publie un article de deux chercheurs américains qui y décrivent l'expérience qu'ils ont imaginé. Cette expérience est assez intéressante, d'un strict point de vue scientifique et d'un point de vue curiosité.

Tout d'abord, un petit rappel sur ce qu'on appelle évolution darwinienne. On appelle ainsi l'évolution dans laquelle la sélection naturelle joue un rôle de premier plan, soit en éliminant les individus les moins adaptés (sélection purificatrice) ou en promouvant des changements dans les séquences (sélection positive).

Les scientifiques ont tout simplement fait évoluer de l'ARN (acide ribonucléique, petite cousine de l'ADN, qui contrairement à l'ADN peut influencer des réaction chimiques) dans des tubes. Comment ? En limitant les éléments chimiques utilisables pour les réactions et en faisant en sorte que certaines mutation dans les séquences d'ARN soient avantagées et sélectionnées.

Le résultat est assez flagrant : l'ARN évolue, plus précisément, il évolue vers une certaine optimisation des réactions chimiques.

Ces résultats ont peut-être l'air assez anodin, voir complètement abscons, mais ils sont en fait très intéressants.
Au delà de l'intérêt technique à faire évoluer des molécules quasi-inertes, qui peuvent promouvoir des réactions chimiques, qui plus est, ces expériences montrent que la sélection naturelle s'applique aux molécules inertes. L'ARN utilisé, même s'il vient d'un organisme à la base, n'est lié à aucun organisme dans l'expérience : ce n'est pas dans un organisme que l'ARN mute, mais directement dans le tube à essai. Ceci veut donc dire que des mécanismes de sélection naturelle ont pu être à l'œuvre sur des molécules telles qu'ARN ou protéines avant même que la vie ou les organismes vivants n'existent.

Ceci qui nous permet de lever un minuscule coin de voile sur le trou noir de connaissance qu'est l'apparition de la vie sur notre planète. On peut imaginer que des molécules types ARN et/ou protéines sont apparues par des mécanismes aléatoires, mais que ces molécules et leurs propriétés ont été avantagées par rapport à d'autres, avantage qui s'est manifesté dans des mécanismes de sélection darwinienne : les molécules les plus efficaces ont pu se dupliquer et, par le truchement de choses pas connues, donner naissance aux tous premiers organismes vivants de cette planète, qui eux-mêmes ont subi la sélection naturelle et ont donné l'ensemble des organismes vivants de cette planète.

On voit donc comment le processus de sélection naturelle peut agir sur des molécules "abiotiques" (sans vie) et comment cette sélection peut être rendue responsable de l'apparition graduelle de la vie sur la planète Terre.
Bien évidemment, tout ceci doit être pris avec des pincettes. Non pas que je veuille éviter de froisser les sentiments religieux de certains, mais plutôt tout ce que je viens de dire relève de l'hypothétique : on n'a quasiment aucune idée des conditions physiques de la Terre quand la vie est apparue, donc on ne saura jamais avec certitude comment la sélection naturelle a agit.